Narodili se s jedinečnou genetickou mutací, která jim umožňuje vládnout nadpřirozenými schopnostmi. Pod vlivem profesora Charlese Xaviera slouží lidstvu. To jim však nedůvěřuje a bojí se jich. Po nesmyslném pokusu o atentát na prezidenta Spojených států, který údajně spáchal neznámý mutant, se veřejnost dovolává zákona, který má mutanty dostat pod kontrolu. V čele anti-mutantniho hnuti stojí armádní velitel a vědec William Stryker, o němž se tvrdí, že na mutantech prováděl pokusy. Mutanty nenávidí a hodlá je totálně zlikvidovat. Když zjistí, že jeho vlastní syn je mutant, bez milosti ho zabije. Stryker měl v minulosti co do činění také s Wolverinem a zná tajemství jeho minulosti. Když Wolverine pátrá po svém původu, uvede Stryker do pohybu svůj anti-mutantní program. Jsou však i mutanti, kteří se proti lidské civilizaci postavili. Jeden z nich, Magento, který právě unikl z vězení, navrhne X-Menům spojenectví proti společnému nepříteli…