Ve chvíli, kdy Doktor Robotnik osudově uvízl na Houbové planetě, ztratil ježek Sonic jediného opravdu schopného nepřítele. A začal se hodně nudit. Občas vypomůže policii dopadnout pár „nepolapitelných“ gaunerů, ale jinak nemá svou modrou energii do čeho vrhnout, což jeho největšího kámoše, šerifa Toma, docela stresuje. Mnohem víc než škody, které za něj musí platit. Jenže vynalézavý Robotnik dokázal nalézt způsob, jak ze svého houbového vězení uniknout a vrátit se na Zemi, a navíc se spojil s ježurou jménem Knuckles, což je chlupatá červená koule plná zloby a unikátních schopností, které jsou podobné těm Sonicovým. Tahle nebezpečná dvojka sleduje dva hlavní cíle. Prvním je pomsta Sonicovi a druhým nalezení a ovládnutí nekonečného zdroje energie, který by z Robotnika udělal vládce celé planety. Přesile naštěstí nebude Sonic čelit sám, ale s podporou dvouocasého lišáka Tailse, který mu přišel na pomoc z jiné dimenze, protože tady jde o všechno.